Университет образован 21.11.1942 г. В настоящее время в структуре университета действуют 2 института, 6 факультетов, в 2011 году получены лицензии на открытие еще 3 специальностей подготовки. В университете работают Центр довузовской подготовки, 61 кафедра, из них 45 клинических, Институт профилактического и лечебного питания, стоматологическая поликлиника, Центральная научно-исследовательская лаборатория, НИИ молекулярной медицины и патобиохимии, межкафедральные лаборатории, научные и тренинговые центры (в том числе с международным участием), Лингвистический центр, центр реабилитации, лечебно-диагностический центр, профилакторий, спортивный зал, лыжная база, стадион, 5 общежитий, студенческий клуб.

Обучение студентов ведется в соответствии с российскими и международными стандартами на базе 4-х теоретических корпусов, 48 лечебно-профилактических учреждений г. Красноярска и края. Ежегодный прием студентов на бюджетной основе составляет около 400 человек, и почти столько же принимается на внебюджетное обучение. Целевой набор из сельской местности, автономных республик и округов составляет 42-47% от числа студентов, принятых на бюджетной основе. В настоящее время в вузе обучаются около 3,5 тысяч студентов, 162 аспиранта, 6 докторантов, 312 ординаторов, 464 интерна. Ежегодно повышение квалификации в его стенах получают около 5,5 тысяч врачей Красноярского края и других территорий. Всего с момента основания вузом в нем подготовлено около 40 тысяч врачей, 90 % из которых работали или работают в Красноярском крае.

В 1995 году приказами Госкомвуза и Минздрава России институт был переименован в Красноярскую государственную медицинскую академию. А в 2008 году по результатам государственной аттестации приказом Министерства здравоохранения и социального развития РФ вуз получил новый статус — Красноярский государственный медицинский университет имени профессора В. Ф. Войно-Ясенецкого.

В настоящее время в КрасГМУ работает 731 человек профессорско-преподавательского состава, из них 141 докторов медицинских наук, пятая часть которых – профессора, 343 кандидата медицинских наук (58,6% -- доценты). Остепененность профессорско-преподавательского состава вуза - 66,2%. Среди педагогов 21 человек - Заслуженный врач РФ, 2 Заслуженных деятеля науки РФ, 2 Заслуженных изобретателя РФ, 2 Заслуженных работника Высшей школы РФ, 6 Почетных работников Высшей школы РФ, 67 членов-корреспондентов и академиков общественных академий.

В университете работают 8 научно-образовательных центров, ведутся исследования по 6 приоритетным научно-исследовательским направлениям, в том числе в сотрудничестве с университетами и центрами Российской Федерации (Красноярск, Москва, Томск, Новосибирск и др.) и зарубежных стран (Япония, США, Германия, Франция, Италия и др.). Исследования носят междисциплинарный характер, поддержаны крупными грантами отечественных и международных фондом (в том числе в рамках ФЦП Министерства образования и науки РФ, Совета по грантам Президента РФ для поддержки научных исследований молодых ученых, РФФИ, JSPS, Министерства образования и науки Японии, международной программой «Центр превосходства: Интегративные исследования мозга» (Япония) и др.). Результаты исследований опубликованы в ведущих российских и зарубежных реферируемых журналах.

В КрасГМУ функционирует 3 специализированных диссертационных Совета по защите докторских и кандидатских диссертаций (9 специальностей). Издаваемый в вузе научно-практический журнал «Сибирское медицинское обозрение», включен в перечень журналов ВАК РФ. За последние 5 лет сотрудниками вуза опубликовано более 1000 статей в журналах перечня ВАК и в международных реферируемых журналах, 107 монографий, 86 сборников научных трудов, более 260 методических рекомендаций и пособий. Получено 160 патентов на изобретения, признаны рационализаторскими предложениями 94 заявки. Организовано 50 краевых, 21 республиканских, 57 международных научно-практических конференций. Получено 10 медалей и 80 дипломов международных и российских выставок.

Все научно-исследовательские проекты, выполняемые учеными КрасГМУ в сотрудничестве с научными центрами РФ (Красноярск, Москва, Томск, Самара) и зарубежных стран (Япония, Италия), ориентированы на максимально быстрое внедрение результатов фундаментальных исследований в клиническую практику (концепция трансляционной медицины). Университет аккредитован на проведение клинических исследований. Реконструируется Центр экспериментальных животных КрасГМУ, который будет аккредитован международным агентством и станет базой для проведения доклинических исследований и продукции трансгенных животных – экспериментальных моделей заболеваний человека.

В марте 2011 года коллектив ученых КрасГМУ (5 человек) награжден Премией Правительства РФ в области науки и техники для молодых ученых за 2010 год за разработку новых технологий управления молекулярными механизмами межклеточной коммуникации для задач трансляционной медицины.

В университете функционирует центр научно-медицинской информации, имеется свыше 2000 компьютеров, 15 компьютерных классов, доступ к международным медицинским базам данных. Университет является инициатором программы формирования единой информационной системы медицинских и фармацевтических вузов РФ, опыт внедрения ИТ в образовательный процесс рекомендован Советом ректоров медицинских и фармацевтических вузов РФ к внедрению на федеральном уровне. Научная медицинская библиотека университета насчитывает около 600 тысяч экземпляров литературы.

Инновационная инфраструктура университета включает в себя НИИ молекулярной медицины и патобиохимии, межкафедральные исследовательские лаборатории, Центральную научно-исследовательскую лабораторию, Российско-германский центр респираторной поддержки и медицины критических состояний, Центр экспериментальных животных, реконструируемый в соответствии с международными стандартами, Международную ассоциированную российско-французскую лабораторию интегративной антропологии, Российско-канадскую лабораторию биомолекулярных медицинских технологий, Российско-японское партнерство в области нейробиологии развития, Российско-японский центр микробиологии, эпидемиологии и инфекционных болезней, клиники Университета (стоматологическая поликлиника, Университетская клиника, Профессорская клиника).

2010 году по инициативе КрасГМУ в регионе сформирован Красноярский биомедицинский кластер, объединивший 25 «якорных» организаций региона (университеты, НИИ, промышленные предприятия). С 2011 года КрасГМУ вступил в число участников национальной технологической платформы «Медицина будущего».

Для повышения эффективности грантовой деятельности в вузе функционирует Отдел грантов и программ, проводится обучение грантрайтингу аспирантов и грант-менеджеров кафедр. Для эффективного внедрения результатов исследований в вузе работает Центр трансфера биомедицинских технологий. Деятельность университета в этом направлении базируется на концепции трансляционной медицины, призванной обеспечить максимально эффективное внедрение результатов фундаментальных биомедицинских и междисциплинарных исследований в клиническую практику.

В 2010-2011 гг. 7 проектов молодых ученых КрасГМУ получили поддержку в рамках конкурса «УМНИК» Фонда содействия развитию малых форм предпринимательства. В 2010-2011 гг. осуществлена научно-техническая экспертиза и начато финансирование проекта КрасГМУ по производству раневых покрытий с применением нанобиополимеров Государственной корпорацией «Роснано». В 2011 году с участием КрасГМУ созданы 5 малых инновационных предприятий, проекты которых принимают участие в программе «Старт-2011» по направлениям «медицина», «приборостроение», «биотехнология» (2 проекта поддержаны).

В КрасГМУ, одном из первых медицинских вузов РФ, в 2006 году внедрена и сертифицирована система управления качеством подготовки специалистов требованиям международного стандарта ГОСТ Р ИСО 9001-2001 (ISO 9001: 2000) применительно к образовательному процессу. В 2010 г. проведена ресертификация системы менеджмента качества согласно требованиям ГОСТ Р ИСО 9001 – 2008 применительно к деятельности в области образования и проведения научных исследований. В 2008 году вуз стал Лауреатом Всероссийского конкурса Рособрнадзора «Системы качества подготовки выпускников образовательных учреждений профессионального образования». В 2010 году КрасГМУ награжден золотой медалью ВВЦ «Образование России» за представление инновационных образовательных технологий.

С 2010 года университет является координатором взаимодействия медицинских и фармацевтических вузов РФ с Всемирной Федерацией медицинского образования (WFME) и Ассоциацией медицинского образования в Европе (AMEE).